Püha Miikaeli Kooli ajalugu algab 2004. aastast, mil Vanalinna Hariduskolleegiumi
raames alustasid tööd väikesed õpperühmad lastele ja noortele, kes erinevatel
põhjustel ei suuda tavaklassis õppida. Nende laste aitamiseks ja koolist väljalangevuse vähendamiseks loodi veebruaris 2005 sihtasutus Püha Miikaeli Kolleegium (edaspidi SA), et koostöös munitsipaalkooli Vanalinna Hariduskolleegiumiga (edaspidi VHK) välja arendada tugisüsteemid (õpilaskodu, nõustamiskeskus) ja paindlikud õppevormid (rühma-, individuaal- ja eelkutseõpe). Tallinna Kesklinna Valitsus pidas seda ettevõtmist niivõrd oluliseks, et leidis SA tegevuseks ruumid hoones Uus tn 32 ja andis need SA kasutusse. Uue tn majas tegutses 2007/2008. õppeaastani kõrvuti kaks SA struktuuriüksust: Püha Miikaeli Kolleegiumi põhikool ja õpilaskodu.
Sügisel 2006 sõlmis kooli koostööpartner MTÜ Miikaeli Ühendus (edaspidi MÜ)
lepingu EV Kaitseministeeriumiga, mille alusel MÜ sai Vene tn 31 hoone
kasutusõiguse 49 aastaks koolipidamise eesmärgil. Selle lepingu loogilise tagajärjena
võttis MÜ 2008. aastal üle Püha Miikaeli Kolleegiumi Põhikooli omanikukohustused
ja kool võis kolida uude õppehoonesse Vene 31, kus vahepeal oli toimunud
hädapärane remont. Omanikuvahetus tingis ka nimemuutuse ja kooli uueks nimeks sai Püha Miikaeli Kool (edaspidi PMK).
Õppeaastatel 2011/2012 ja 2012/2013 tegutsesid koolis uuendatud põhikooli- ja
gümnaasiumiseaduse (edaspidi PGS) alusel osalt tundeelu- ja käitumishäiretega laste
klassid, osalt väikeklassid. Vajadusel rakendati ka individuaal- ja koduõpet.
Uuenenud PGS on asetanud rõhu piirkonnakooli ümberkujundamisele selliselt, et see
tagaks sõltumata oma asukohast kõikidele lastele (sh HEV lapsed) võrdsed
õppimisvõimalused. Samm-sammult hakkab see tõenäoliselt ka realiseeruma. Nii võib
PMK selles valdkonnas oma missiooni lugeda täidetuks. Õppeaastast 2013/2014
jätkub HEV laste õpe kooli koostööpartneri Vanalinna Hariduskolleegiumi raames.
Piirkonnakoolid tagavad küll võrdsed võimalused, kuid mitte vanematele
valikuvõimalust oma laste hariduse üle otsustamisel. Vanemate õigust omada
otsustavat sõna lapse hariduse valikul saavad nad realiseerida, rajades
kodanikukoole. Eesti erakooliseadus ja erakoolide finantseerimise põhimõtted
annavad kodanikukoolidele sisuliselt võrdsed võimalused munitsipaalkoolidega.
2011. aastal asutati Maarjamaa Haridusselts, koondamaks ühtses väärtusruumis
tegutsevaid õpetajaid, koole ja lapsevanemaid.
2013. a kujunes Püha Miikaeli Kool ümber tavakooliks. Kool tugineb oma
tegevuses katoliku kiriku õpetusele. Sõlmiti koostöösidemed Peeter-Pauli koguduse ja
Dominiiklaste orduga.
Läbi aastate on Miikaeli Ühendus toetanud mitmeid lapsevanemate algatusi, tagamaks suuremale õpilaste hulgale haridustee, mis lähtub VHK ja PMK ühistest
pedagoogilistest põhimõtetest. 2011. aasta septembris alustas PMK alluvuses tegevust Tallinna Toomkooli kaks I klassi, millest tänaseks on kasvanud välja iseseisev erakool. 2013. aasta sügisel alustas Püha Miikaeli Kooli filiaalina tegevust Kohila
Mõisakool. Iseseisva erakoolina, kuid esialgu Püha Miikaeli Kooli ruumides alustas
samal ajal tööd Püha Johannese Kool.